受污染的水体在经过一段时间后，由于物理、化学和生物的作用，水中污染物浓度降低，水体恢复到污染前的状态，称为水体自净。水体自净包括沉淀、稀释、混合等物理过程、氧化还原、分解化合、吸附凝聚等物理化学过程和生物化学过程。各种过程相互影响，同时发生并相互交织进行。

      污水中污染物排入水体，可沉性固体逐渐沉到水底成为污泥。悬浮物、胶体和溶解性污染物则因混合稀释而逐渐降低浓度。在一定条件下，水体中一些难溶性硫化物可以氧化为易溶性硫酸盐，可溶的二价铁、锰的化合物可转化为几乎不溶的三价铁、四价锰的氢氧化物而沉淀，一些硅、铝氧化物胶体或高岭土、蒙脱土一类的胶体，能在水中吸附各种阳离子或阴离子而与之凝聚并沉淀。悬浮和溶解于水中的有机污染物，在有溶解氧的条件下，会因好氧微生物作用分解为简单稳定的无机物如二氧化碳、水、氨等，使水体得到净化。

      水体存在的生物群可以反映河流水的自净的进程。河流污染时，对污染敏感的蜉蝣幼虫、硅藻等就会消失，而真菌、泥蠕虫和某些蓝藻、绿藻则占优势。当经过自净作用水质恢复洁净时，生物群也随之变化。因此可用生物群来判断水体自净状况对受纳污水的水体的自净能力进行考察和了解，就可充分利用水体自净能力，减轻污染的人工处理负担，同时又能保证水体不受到污染。